"Упрощенцы", в книге учета доходов и расходов должны указывать «входной» НДС по товарам, отдельной строкой, а не в их стоимости и включать этот налог в состав расходов — по мере реализации соответствующих товаров. При этом, требуется выполнение дополнительного условия: от покупателя должна поступить оплата (в НК - не прописано).

Источник: Письмо Минфина России от 02.12.2009 № 03-11-06/2/256.